La transmutación alquímica se lleva a cabo en el atanor, el horno de los alquimistas, en cuyo seno matricial se encierra el "huevo" conteniendo los elementos necesarios para realizar la Gran Obra. Atanor, al parecer sería una palabra de origen arámico, derivada de tan (horno) y nur (fuego); de hecho la palabra tannur significaba horno, en hebreo. Por su parte, la palabra horno deriva del latín fornus, que significa precisamente horno. Interesante resulta a este respecto, que el vocablo fornus se relacione con fornix y fornicis (que corresponde a: habitación abovedada, lupanar, prostituta), y que además se relacione con fornicar (fornicare).
El color negro, asociado con la muerte y la vida, se relaciona también con la tierra de Egipto. Allí, con cada crecida del río Nilo, que destruía sembrados e inundaba de un barro las proximidades del río, al mismo tiempo esas inundaciones permitían la fertilización de las tierras. La tierra negra que era la resultante de este proceso, simbolizaba entonces la muerte que posibilitaba el renacimiento vivificante.
No resulta discordante entonces que fuera en una penumbrosa caverna en que se produjera el mítico nacimiento de Jesús y que fuera justamente en una oscura caverna en la cual se le sepultara tras su crucifixión. Y es precisamente de esa caverna mortuoria de la cual Jesús logra su renacimiento y su transformación.
De modo similar, se da cuenta en las primitivas basílicas romanas de la existencia de los “confessio”, el que consistía en “una cámara que contenía reliquias y estaba ubicada debajo del altar mayor” .
Estos razonamientos vienen también a explicar la existencia bajo el suelo de la Catedral de Chartres de un conjunto de pasadizos ocultos, en donde se halla, como en algunas otras iglesias similares de Francia, la imagen de una "virgen negra". Según el escritor alquimista Fulcanelli, esta práctica derivaría de la antigua costumbre de situar en las cámaras subterráneas de los templos estatuas de Isis, las cuales con la introducción del cristianismo en la Galia se fueron transformando en las Vírgenes negras de la actualidad. Tanto en unas como otras sería posible leer en su pedestal la inscripción "Virgini pariturae" que querría significar: "A la Virgen que debe ser madre".
Por otro lado, esto sería concordante con una variedad de documentos citados por Fulcanelli, muy anteriores al cristianismo, que se refieren a una "Virgo paritura", esto es, "la tierra antes de su fecundación, que pronto será animada por los rayos del sol". Esas vírgenes negras representan, según el alquimista francés Fulcanelli, "la materia prima en estado mineral, tal como sale de las capas metalíferas, profundamente enterrada bajo la masa rocosa", a lo que agrega: "¿Cuál es, entonces, la condición primordial, esencial, para que pueda manifestarse una generación cualquiera? Responderemos por vosotros: la ausencia total de toda luz solar, incluso difusa o tamizada (...) ¿Es en la superficie del suelo -a plena luz-, o dentro de la tierra -en la oscuridad-, donde pueden germinar y reproducirse las semillas vegetales?".
Así, tal como para la gestación de una planta es necesario primero que la semilla germine al interior de la tierra y tal como para el nacimiento de una nueva vida humana ella debe permanecer un tiempo de gestación en el vientre materno, de igual modo, para lograr arribar hasta el iluminado mundo de lo diurno, del conocimiento, es necesario antes haber vencido el submundo de la ignorancia, de las tinieblas de la noche.
Al parecer, para las culturas iniciáticas, la caverna refiere, tal como el conocido mito de la caverna de Platón, a un lugar sagrado donde se produce el comienzo del despertar a la auténtica realidad del mundo y de la vida que se efectuará simbólicamente como un paso del oscuro interior de la tierra, de lo infrahumano, a la claridad ordenada de lo verdaderamente humano, de las tinieblas a la luz.
